Di PPSQ Asy-Syadzili memiliki unit untuk kesehatan para santri unit tersebut bernama POSKESTREN (pos kesehatan pesantren), dimana para santri dapar berobat secara gratis dengan berbagai tingkat penanganan yang berbeda tergantung dari seberapa parah kondisi santri, santri yang sesang sakit akan mendapatkan penanganan khusus dari pihak POSKESTREN mulai dari makanan, hingga ruangan tersendiri untuk tempat istirahat santri yang sedang sakit.

Unit POSKESTREN ini diawasi dan dipantau langsung oleh salah satu keluarga ndalem yakni dr. Muhammad Mufid Syadzili. Selain itu POSKESTREN seringkali memberikan penyuluhan kesehatan kepada para santri dengan mendatangkan para ahli, hal ini bertujuan agar para santri dapat senantiasa hidup sehat dan menjaga kebersihan serta mengetahui apa yang seharusnya dilakukan ketika terpapar penyakit.